1721年時，今日「二崙」、「崙背」一帶成立堡，命名為「布嶼稟堡」，附近一帶原屬平埔族貓兒干社，即昔稱「南社」的所在地，該族慣稱此地為「布嶼稟」。直到清乾隆年間，省略「稟」字，而將此地簡稱為「布嶼堡」。1764年出版的議台灣府志一續修一書，就出現有「布嶼大庄」的地名，相當於今日行政區域的崙背鄉舊庄村。
1624年荷蘭人放棄澎湖轉據台灣，1635年前後，荷蘭東印度公司駐台灣長官才決定就地生產糖、米，並從大陸招徠農民，招佃開墾制度的濫觴。
1662年鄭成功據台稱台灣為東都明京，改荷人建築的熱蘭遮城為安平鎮作為官邸俗稱王城，改普羅民遮城為承天府，下設天興，萬年二縣，此時雲林崙背地區隸屬天興縣。
1683年清廷派水師都督施琅攻台，鄭克塽降清，1684年建置台灣府，隸屬福省台廈兵備道之下，並改天興洲為諸羅縣，時西螺、二崙、崙背等地區並稱布嶼稟堡，後稱布予堡，隸諸羅縣。
康熙末年諸羅縣內新設彰化縣及淡水廳，這時虎尾溪北至大甲溪南一帶改隸彰化縣，西螺、二崙、崙背三鄉鎮屬彰化縣管轄，分稱西螺堡（西螺）、布嶼堡（含二崙、崙背）。
1875年調整增設台北府，1885年台灣建省在中部地區新設台灣府，就台灣府改為台南府，將彰化縣東北地區一帶增設台灣縣及苗栗縣，虎尾溪北一帶新設雲林縣，西螺、二崙、崙背地區脫離彰化縣改隸雲林縣，分稱西螺堡、布嶼東堡（二崙）、布嶼西堡（崙背）。
1895年日本接管台灣之後施行軍政，將清末時的台北府改稱台北縣，台灣、台南，二府改為民政支部，縣下設之廳，民政支部下置出張所（即辦事處），雲林縣就改稱為雲林出張所，其之下堡名及區域都未予調整。
1897年第三任台灣總督乃木希典新到任時，規劃台澎為六縣三廳，這時雲林縣疆域屬嘉義縣，縣下設斗六、西螺、土庫，北港，四辦務署，署下設堡，當時布嶼堡含今二崙、崙背、褒忠屬土庫辦務署；1898年兒玉源太郎接任第四任台灣總督，調整全島六縣三廳為三縣三廳，當時雲林又改隸台中縣，縣市至斗六及北港兩辦務署，稱為步嶼堡的二崙、崙背受北港辦務署管轄。
1901年再實行地方行政改革，全島劃設二十廳，布嶼堡（今之二崙、崙背）隸斗六廳。1909年行政區域又重新調整，廢斗六廳，當時二崙鄉稱為油車區屬於西羅支廳。1920年行政區域再度調整，崙背五庄劃為虎尾郡管轄。
1945年，雲林地區各鄉鎮仍隸屬台南縣，1950年重設雲林縣，崙背鄉隸之。
